全ての歴史は修正され、その男...黒井響一郎も本来の時の流れの通りレーサーとしての人生が待っている...はずだった。

しかし

一度生まれた可能性の世界は形を変えて残ってしまった。

つまり

本郷武流(ほんごう たける)
「黒井...後を、頼む!」

一文字鷹人(いちもんじ たかひと)
「お前が...世界を救うんだ!」

志半ばに倒れた2人に託された使命。ライダーを倒すために生まれた黒井の洗脳を解き導いた友を死なせてしまった罪が重くのし掛かる...。

立花惣兵衛(たちばな そうべえ)
「武流様達の意思を継いで下さい。それが貴方の罪の意識を減らしてくれる筈です」

緑川泪(みどりかわ るい)
「あの人を...武流さんを返して!」

風見進(かざみ しん)
「俺は認めない...お前が本郷さん達の名を継ぐなんて絶対に認めない!!」

偉大な戦士の名を継ぐ事に躊躇いを覚える黒井に次々と襲い掛かるヘルショッカーの怪人達!
彼は真の戦士として立ち上がる事が出来るのか?

ゼネラルダーク
「サード...お前がいくら足掻こうが我らの勝利は動かん。お前は選択を誤ったのだ!」

「確かに俺は間違った選択をしたのかもしれん。だが...後悔は無い!」
「俺はサードの名は捨てた!」

「俺の名は...仮面ライダー3号だ!!!」

新たな戦士の歴史が始まる!